JMicroVision foi projetado para descrever, medir, quantificar e classificar componentes de todos os tipos de imagens. Tem uma interface de usuário intuitiva com recursos poderosos e suporta imagens muito grandes. JMicroVision contém ferramentas com diferentes graus de automação para gerenciar imagens complexas e variadas. Como um microscópio, permite uma observação dinâmica de um espécime com a possibilidade de combinar vários focos ou modos de iluminação (luz polarizada, fluorescência). Além disso, a lente de ampliação e a ferramenta multiview permitem uma visão simultânea de várias imagens, cada uma com seu próprio coeficiente de zoom, mantendo uma posição comum no centro.