Cytoscape é uma plataforma de software de código aberto para visualização de redes complexas e integração com qualquer tipo de dados de atributos. Muitos plugins estão disponíveis para vários tipos de domínios de problema, incluindo bioinformática, análise de redes sociais e web semântica. Cytoscape suporta muitos casos de uso em biologia molecular e de sistemas, genômica e proteômica: Carregar conjuntos de dados de interação molecular e genética em muitos formatos Projeto e integração de conjuntos de dados globais e anotações funcionais Estabeleça mapeamentos visuais poderosos através desses dados Executar análise avançada e modelagem usando plugins Cytoscape Visualize e analise conjuntos de dados de vias curadas humanas como Reactome ou KEGG.