Pathomx é uma ferramenta baseada em fluxo de trabalho para a análise e visualização de dados experimentais. Inicialmente criada como uma ferramenta para análise de dados metabolomic foi estendida e agora pode ser usada para qualquer análise científica e não científica de dados. O software funciona como um híbrido de fluxo de trabalho e abordagens baseadas em scripts para análise. Usando fluxos de trabalho é possível construir construções de análise rápidas e reprodutíveis para dados experimentais. Combinando isso com scripting inline personalizado é possível executar qualquer análise imaginável. Fluxos de trabalho podem ser dinamicamente reorganizados para testar diferentes abordagens e salvos para acompanhar o desenvolvimento de sua abordagem. Fluxos de trabalho salvos também podem ser compartilhados com outros usuários ou grupos, permitindo a reprodução instantânea de resultados e métodos. As ferramentas podem exportar imagens como imagens de alta resolução prontas para publicação em formatos comuns.